La Chiesa di San Nicola sorse tra il 1488 e il 1510, in conseguenza ad una pestilenza degli anni 1483-84 durante la quale gli Almennesi fecero voto a Dio che avrebbero costruito una “cappella” in onore dei santi Sebastiano e Rocco, tradizionali protettori contro le malattie infettive, affinchè il contagio avesse presto fine.
Il complesso ecclesiale si compone di tre parti: la chiesa con la sagrestia del XV secolo, il campanile ultimato nel XVI secolo e il monastero con il magnifico chiostro in stile tardogotico dei primi anni del ‘500.
L’interno si compone di una sola navata. Il patrimonio iconografico custodito all’interno è rappresentato da affreschi di Boselli e tele di Cifrondi, Previtali e Bassano. Nella chiesa si conservano alcune tele di valore come la Trinità del Previtali del 1517, la Sacra Famiglia di Francesco da Ponte detto il Bassano XVI secolo. Numerosissimi gli affreschi dei secoli XV-XVIII, che ricoprono le pareti delle dodici cappelle laterali molti dei quali attribuiti ad Antonio Boselli. Lo splendido soffitto originario a formelle in cotto decorate a mano e lastre tombali degli inizi del XVI secolo.
La Chiesa di San Nicola ospita al suo interno un rarissimo esempio di Organo Antegnati del 1588, gioiello unico al mondo, uno dei pochi esempi di organo rinascimentale di scuola italiana conservato sino ad oggi. Per questo motivo la chiesa è spesso luogo di concerti barocchi.
